在《最终幻想VII》故事结束的两年后，人们终于认识到了开采“魔晃（日语：魔晄，英语：Mako，即电影中的“生命之泉”）”作为能源的害处，神罗（日语：神羅，英语：Shinra）公司已不复存在。人们开始寻找新的能源，并重修大都市米德加（日语：ミッドガル，英语：Midgar）。然而星球的愤怒并未随着陨石的消失而完全消退，有一些人患上了“星痕综合征（日语：星痕症侯群，英语：Geostigma）”。这说明仍然有威胁星球生存的东西存在。在与萨菲罗斯的最终决战结束之后，克劳德·史特莱夫在蒂法·洛克哈特的帮助下成立了一家送货公司“史特莱夫快递”。在市郊，克劳德收到了蒂法打来的电话，之后便受到了三个相信他拥有失踪“母亲”信息的年轻人的攻击。在大战一群影兽之中，卡达裘突然收回攻击离开，中止的战斗。在收到蒂法的语音留言后，并为了得知攻击者的身份，克劳德拜访了...